吉田キャンパスの北部構内には、本学考古学講座の創始者である濱田耕作博士が1923（大正12）年に発見した北白川追分町遺跡が所在する。これまでの調査で、縄文時代中期の竪穴住居跡、後期の甕棺・配石墓、晩期の土壙墓をはじめ、谷状の低湿地からは埋没林やトチの実の貯蔵穴などが発見され、西日本屈指の縄文遺跡となっている。
これらは、当時の生業や食のあり方を検討するうえで貴重な資料となっているほか、自然科学的な分析との総合によって生活環境の復元がされており、縄文時代の学際的研究に格好の場を提供している。

弥生時代の遺跡については、吉田南構内で今から約2400年前の前期の水田や流路が見つかっており、本部構内や北部構内でもこの時期の資料が多く出土、北部構内でも中期の方形周溝墓が見つかっている。
前期の水田は、やがて生じた土石流により瞬時に埋没したものとみられ、地形の微妙な起伏にあわせて細かく工夫された畦の区画や、耕作にともなう地表面の凹凸などが、砂に覆われて非常に良く残っていた。稲作が採用されたころの技術的水準を鮮やかに伝える好例である。

近世の本部構内から病院構内にかけては、聖護院村や吉田村に属する田畑がひろがっており、そこに鴨川のほとりの荒神口から北東に向かって京都と近江坂本を結ぶ、白川道と呼ばれる街道が通じていた。
この道は、幕末期以降、本部構内にあたる部分を断ち切られてしまったが、現在も「山中越」と呼ばれる道筋に名残をとどめている。本部構内の発掘調査では、この白川道や、その前身の中世にさかのぼる道路遺構も見つかっている。

聖護院村の北辺にあたる病院構内南辺には、幕末の歌人大田垣蓮月（1791～1875）が文久年間（1861～1864）に居住したことが知られ、自詠の歌を手づくねの茶器類に釘彫りした「蓮月焼」が多数出土している。
また幕末の動乱期には、本部構内に尾張藩邸が、北部構内に土佐藩邸が設置されたことが古絵図に記されており、関連する堀や井戸などの遺構が発見されている。とくに、北部構内でみつかった土佐藩邸の南限を画する幅約３ｍの堀からは、大量の桟瓦が出土した。

このほか構内では、旧制高校や帝国大学関係の資料もしばしば出土する。文字記録としては残されていない例もあり、考古学的手法によるこうした時代の研究も、今後重要さを増してくるであろう。

京都大学構内遺跡の発掘は、基本的にその大半が、校舎の新営等の工事に先だって実施されるものであるが、調査の結果、とりわけ歴史的資料としての重要度が高く、またキャンパス一帯の過去を象徴すると判断される遺跡については、現地あるいは移築によって保存や復元の処置をとってきた。
北部構内では、縄文時代の配石・甕棺墓群を植物園内に移築復元しているほか、鎌倉時代の火葬塚を庭園に取り込んで現地に復元整備しており、これらはいずれも当時の歴史的景観を彷彿とさせる貴重な空間を形成している。また吉田南内においては、平安時代の梵鐘鋳造遺構を埋め戻して保存したうえ、模型と解説板を設置して整備を進めているほか、瀬戸臨海実験所構内でも、南紀における生業を象徴する資料である奈良時代の石敷製塩炉を移築復元し、水族館とあわせ観覧に供している。