時代細分：縄文時代中期

調査地点：北部構内 ＢＦ３３区

解  説：
方形の石組炉を中心に隅丸方形状の溝がめぐる中期末の竪穴住居跡。炉が中央に存在していたとすれば、一辺約５ｍとなる。
炉と考えられる土坑からは、焼土とともに炉を構築した石が出土した。溝に囲まれた区画には９個の土坑が検出されており、そのうちのいくつかは柱穴に相当すると思われる。30ｍほど西の地点でも、同時期の竪穴住居跡がみつかっている。

（京都大学構内遺跡調査研究年報 昭和57年度）

時代細分：縄文時代後期

調査地点：北部構内 植物園遺跡

解  説：
後期前葉の縄文土器を包含する土層の下面でみつかった８基の配石墓。人頭大の自然石20～30個を円形ないし楕円形に密集させるものと、10数個の自然石を不定形に敷きつめたものとに大別される。
甕を埋納したものや土壙を有するもののほか、骨片が検出されたものも存在し、移築をして復原保存をおこなった。

（京都大学理学部ノートバイオトロン実験装置室新営工事に伴う埋蔵文化財発掘調査の概要）

時代細分：縄文時代後期

調査地点：北部構内 植物園遺跡

解  説：
後期前葉の無文深鉢を用いた甕棺墓。頸部までを埋めて口縁部を露出させていたものを４基、地上に置かれていたと考えられるものを２基確認し、骨片を残すものも存在する。
上記の配石墓と近接しているが、構築の仕方は明らかに異なっており、出土状況や配石墓にともなう甕との型式学的比較から、甕棺墓の方が配石墓よりも若干早く構築されたことがわかる。

（京都大学理学部ノートバイオトロン実験装置室新営工事に伴う埋蔵文化財発掘調査の概要）

時代細分：縄文時代晩期

調査地点：北部構内 ＢＦ３１区

解  説：
縄文時代晩期の低湿地に残った埋没林。樹種の分析によって、湿地に強いトチノキ・ムクノキ・カエデ属のなかに、常緑広葉樹のアカガシ亜属や針葉樹のカヤが相当量混交していた様子が明らかとなった。周辺では、ヒトなどの動物の足跡が無数にみつかっており、当時の生活環境を自然科学的分析を通じて検討した事例である。

（京都大学構内遺跡調査研究年報 昭和59年度）

時代細分：縄文時代晩期

調査地点：北部構内 ＢＦ３０区

解  説：
自然流路の斜面上に設けられた縄文時代晩期中葉の貯蔵穴。平面形は斜面の方向に約60㎝、それと直交する方向に約45㎝の楕円形を呈しており、深さは約25㎝をはかる。西日本で多数発見されている低湿地型貯蔵穴とみることができ、外果皮を取り外した約2000個のトチノキの種子が良好に保存されていた。

（京都大学構内遺跡調査研究年報 1994年度）

時代細分：縄文時代晩期

調査地点：和歌山県瀬戸遺跡（瀬戸臨海実験所構内）

解  説：
縄文時代晩期後葉の人骨。壮年（20～40才）の女性の人骨で、抜歯を認めることができる。頭を北に、顔面を西に向け、体右側面を下にした横臥屈葬の姿勢をとって土壙内に納められていた。
土壙からは、人骨のほかに塊石１個、子安貝１個がみつかっており、南紀における当時の習俗を知るうえで貴重な資料である。

（京都大学構内遺跡調査研究年報 昭和52年度）